Sự yếu kém trong pháp lý khiến Thanh Hóa liên tục bị cầu thủ và HLV thưa kiện lên FIFA. Hậu quả là họ bị phạt số tiền hàng tỷ đồng.
Thanh Hóa liên tục thua kiện trong 2 vụ lùm xùm với cầu thủ Sega Cisse và HLV Fabio Lopez. 2 người này bị CLB của bầu Đệ thanh lý hợp đồng và quay lại thưa kiện lên FIFA.
Sega Cisse ký hợp đồng với Thanh Hóa tháng 11/2019. Anh bị thanh lý hợp đồng ngày 1/2020 với lý do bị chấn thương không thể ra sân. Thanh Hóa đã đưa vào hợp đồng một điều khoản khá “rừng rú” khi cho phép CLB được đơn phương chấm dứt hợp đồng nếu cầu thủ chấn thương dài hạn quá 30 ngày.?!
Cisse đã kiện lên FIFA yêu cầu bồi thường số tiền lên đến 369.700 USD cho 2 năm hợp đồng đã bị Thanh Hóa vi phạm. FIFA sau khi xem xét đã không công nhận điều khoản đơn phương chấm dứt hợp đồng vì cầu thủ bị chấn thương của Thanh Hóa. Tuy vậy FIFA vẫn khá nhẹ tay khi chỉ phạt CLB này trả 58.420 USD (bằng 1/6 số tiền Cisse yêu cầu bồi thường).
Hiện Cisse vẫn rất bức xúc và tuyên bố sẽ kiện lên Tòa án Trọng tài Thể thao (CAS).
Vụ kiện thứ 2 là của HLV người Ý Fabio Lopez. Ông Lopez ký hợp đồng với Thanh Hóa cũng vào tháng 11/2019 hết hạn 11/2021. Ông bị sa thải tháng 7/2020 tức là mới làm việc được 7 tháng. Số tiền Thanh Hóa phải đền bù nếu thua cuộc là vào khoảng 187.000 USD. Hiện HLV người Ý đã tuyên bố chiến thắng dù FIFA chưa ra thông báo chính thức.
Cả 2 vụ kiện này đều phát sinh trong giai đoạn Bầu Đệ làm chủ tịch CLB Thanh Hóa